手持式光譜分析儀雖說測量準確度很高，但人有失手，馬有失蹄，手持式光譜分析儀在測定試樣中元素含量時，也難免會存在一定的誤差，并且受諸多因素的影響。
手持式光譜分析儀系統誤差的來源有：
一、標樣和試樣中的含量和化學組成不完全相同時，可能引起基體線和分析線的強度改變，從而引入誤差。
二、標樣和試樣的物理性能不完全相同時，激發的特征譜線會有差別從而產生系統誤差。
三、澆注狀態的鋼樣與經過退火、淬火、回火、熱軋、鍛壓狀態的鋼樣金屬組織結構不相同時，測出的數據會有所差別。
四、未知元素譜線的重疊干擾。如熔煉過程中加入脫氧劑、除硫磷劑時，混入未知合金元素而引入系統誤差。
五、要消除系統誤差，必須嚴格按照標準樣品制備規定要求。為了檢查系統誤差，就需要采用化學分析方法分析多次校對結果。
